대한예수장로회S교회는 농지법상 직접 농지를 취득할 수 없어 2006년 5월29일 농업회사법인을 설립, 교인을 형식상으로 법인 사원으로 등재해 토지 3만2571㎡를 교인들 명의로 소유권 이전 등기했다.
이후 교인들은 8월26일 S교회 등에 법인의 지분을 양도했고, 결국 S교회는 법인 지분의 95.83%를 보유하게 됐다.
그러나 서귀포시는 2009년 5월13일 S교회가 과점주주가 됐다는 이유로 취득세와 농어촌특별세 등 모두 1720만원을 부과했다.
S교회는 이에 불복, 취득세등부과처분취소 청구소송을 제기했으나, 법원은 ‘교인들은 명의수탁자에 불과하고, 실질적으로 법인 설립 당시부터 S교회가 법인의 과점주주였다’는 이유로 S교회의 청구를 기각했다.
서귀포시는 오히려 지난해 12월17일 S교회가 교인들에게 명의신탁해 부동산실권자명의 등기에 관한 법률(부동산 실명제법)을 위반했다는 이유로 4362만원의 과징금부과처분을 내렸다.
제주지방법원 행정부(재판장 부상준 수석부장판사)는 서귀포시장을 상대로 과징금부과처분취소 청구소송을 제기한 S교회의 청구를 기각했다.
재판부는 판결문에서 “부동산평가액과 원고의 의무위반 경과기간을 고려해 토지의 부동산평가액의 10%에 해당하는 과징금을 부과한 처분은 적법하다”고 밝혔다.
또한 “명의신탁자에 대해 과징금을 부과할 것인지 여부는 기속행위에 해당한다”며 “명의신탁이 조세를 포탈하거나 법령의 제한을 회피할 목적이 아닌 경우에 한해 과징금을 일정 감경할 뿐”이라며 명의신탁에 비춰 과징금처분이 가혹하다는 원고의 주장은 이유가 없음을 판시했다.
S교회는 법무사의 조언을 얻어 교인들에게 명의신탁했던 것에 비춰 과징금 4362만원을 부과한 것은 지나치게 가혹하다며 소송을 제기했다.
한편, 같은 재판부는 Y도시개발의 과징금부과처분 취소 청구소송도 기각했다.
서귀포시는 Y도시개발이 실제 토지 소유자임에도 감사인 Y모씨에게 토지를 명의신탁해 부동산 실명제법을 위반했다는 이유로 과징금 6953만원을 부과했다.
그러나 Y도시개발은 “Y씨가 감사로 재직했고, Y씨의 남편이 연립주택사업을 기획하고 토지 매매계약을 체결하는 등 회사를 경영했다”며 “토지는 Y씨의 소유였고, 회사는 명의신탁한 사실이 없음에도 이를 전제로 처분한 것은 위법하다”며 소송을 제기했다.